Zunächst blieb Werner nach seiner Haftentlassung bei seinen Eltern wohnen und arbeitete im Geschäft seines Vaters mit. Da er aber weiterhin aktiv seinen Glauben praktizieren wollte und sich sehr wohl bewusst war, in welcher Gefahr er dadurch in der DDR schwebte und unter Stasi-Beobachtung stand, floh er im September 1958 nach Westberlin, wo er bis 1961 in der Verwaltung des Ostbüros der Zeugen Jehovas beschäftigt war. Seine Aufgabe bestand im Ostbüro darin, die Verbindung zu den Glaubensbrüdern in der DDR aufrecht zu erhalten und sie mit der Literatur der Religionsgemeinschaft zu versorgen. Auch in Westberlin wurde Werner Geyer von der Stasi observiert. Mehrere IM berichteten über ihn. In den IM-Berichten werden die Decknamen von „Heini“, „Guma“ und „Rita Reiber“ genannt.27 Am 4. Juli 1960 wurde ein konkreter Beobachtungsauftrag gegen Werner Geyer angelegt mit der Aufgabe, seine Gewohnheiten und seinen gesamten Lebenswandel festzustellen.28 Im Beobachtungsauftrag wurde auch festgelegt, dass, sollte Werner Geyer „den demokratischen Sektor von Groß-Berlin aufsuchen“, die „sofortige Festnahme einzuleiten“ sei.

In einem IM-Bericht des MfS-Leutnants Herbrich über Werner Geyer wurde vom IM erwähnt, dass Werner Geyer, ebenso wie der damalige Leiter des Ostbüros, Willy Pohl, damit rechneten, „daß sie sich eines Tages in den Händen der Sicherheitsorgane der DDR befinden“ würden.29 Diese Befürchtung, von der Stasi entführt zu werden, war nicht unberechtigt, wie das Beispiel der versuchten Entführung des ehemaligen Leiters des Ostbüros, Ernst Wauer, belegt. 30

In Waldheim hatte Werner den ebenfalls inhaftierten Zeugen Jehovas Siegfried Lehmann kennengelernt. Sie verband eine dauerhafte Freundschaft. Siegfried hatte seiner Schwester Ingrid von Werner erzählt und ihr gesagt, dass er jemanden kenne der zu ihr passen würde. Er sagte ihr, wie sich Ingrid noch heute gut erinnern kann und was ihr Interesse weckte,  dass er jemanden für sie wüsste, der sogar“ klüger sei wie sie“. Es entstand zunächst ein loser Kontakt zu Werner der  später intensiviert wurde, als Ingrid nach einem Kongreßbesuch 1958  in Westberlin nicht mehr zurück in die DDR konnte. Ihr Name stand auf der Fahndungsliste der DDR-Grenzpolizei und sie fürchtete festgenommen zu werden. Ihr Bruder Siegfried riet ihr dringend in Westberlin zu bleiben. So kam es, dass sie während des Flüchtlings-Aufnahmeverfahrens im Ostbüro der Zeugen Jehovas Beschäftigung fand. Hier lernten sich  Werner und Ingrid auch besser kennen und lieben.

Nach dem Mauerbau in Berlin am 13. August 1961 mussten die organisatorischen Strukturen in der DDR und auch die Kuriertätigkeit der Zeugen Jehovas völlig geändert werden. Werner erhielt andere Aufgaben.

 Am 28. Februar 1962 heiraten Werner und Ingrid in Darmstadt, wo die Eltern von Ingrid lebten. Nach kurzer Zeit der Erholung begannen beide, in einer besonderen Art des Missionsdienstes in Deutschland tätig zu sein, dem missionarischen Kreisdienst. Sie besuchten im Laufe der kommenden Jahre Versammlungen in Oberbayern und Oberfranken. Aus privaten Gründen schieden sie nach mehreren Jahren aus dem Kreisdienst aus und ließen sich in Ober-Ramstadt bei Darmstadt nieder, wo Werner zunächst als Fliesenleger arbeitete.

Im christlichen Haus-zu-Haus Dienst lernte Werner Anfang der 70er Jahre seinen späteren Arbeitgeber kennen und arbeitete sich als Quereinsteiger in den Architektur-Modellbau ein. Nach einer Phase der Einarbeitung war er in der Lage selbständig hochwertige Modelle zu konzipieren und machte das zu seinem Beruf. An der Konzeption von Kreiskongress-Sälen der Religionsgemeinschaft war er beteiligt.

Um die persönliche Missionstätigkeit noch interessanter zu gestalten und Menschen von der Unhaltbarkeit der Evolutionstheorie zu überzeugen, produzierte Werner im Jahre 1973 gemeinsam mit Otto Jäger, einem weiteren Zeugen Jehovas, eine eineinhalbstündige Dia-Vortragsreihe zu diesem Thema, die er in vielen Gemeinden der Religionsgemeinschaft deutschlandweit vorstellte.

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27 BStU, MfS-HA XX/4, Archiv der Zentralstelle, Nr. 2575, Beobachtungsberichte, Bl. 367, 368, 429 ff.
28 Ebd., Beobachtungsauftrag vom 4. 7. 1960, Bl. 457,f.
29 Ebd., Bericht Leutnants Herbrich über die Aussagen eines IM vom 17. 7. 1960, Bl. 446 ff.
30 Vgl. W. Hirch, Die Politik des Ministeriums für Staatssicherheit gegenüber den Zeugen Jehovas, Exkurs: Versuch der Entführung eines Ostbüro-Mitarbeiters der Zeugen Jehovas aus West-Berlin, S. 119 ff., in: Repression und Selbstbehauptung. Die Zeugen Jehovas unter der NS- und der DDR-Diktatur, Gerhard Besier und Clemens Vollnhals ( Hrsg.), Berlin 2003.